Настройка автоматической синхронизации времени с использованием ntp (Network Time Protocol).

Устанавливаем необходимый софт:

apt-get install ntp ntpdate

Настройки находятся в файле /etc/ntp.conf.

Здесь можно поменять список серверов, с которыми будет осуществляться синхронизация времени. По умолчанию:

server 0.debian.pool.ntp.org iburst
server 1.debian.pool.ntp.org iburst
server 2.debian.pool.ntp.org iburst
server 3.debian.pool.ntp.org iburst

Если ваш веб-сервер в России, то сервера для синхронизации можно указать соответствующие:

server 0.ru.pool.ntp.org
server 1.ru.pool.ntp.org
server 2.ru.pool.ntp.org
server 3.ru.pool.ntp.org

Список серверов можно выбрать здесь.

Больше ничего специально прописывать и менять не требуется. Время теперь синхронизируется автоматически. Максимум через полчаса в этом можно будет убедиться, используйте команду:

ntpq -pn

Ответ будет примерно таким:

     remote           refid      st t when poll reach   delay   offset  jitter
==============================================================================
-93.180.6.3      192.36.143.130   2 u   43   64  377    1.768   -3.630   8.701
+195.3.254.2     46.46.152.214    2 u   41   64  377    8.748   -6.927   6.185
*2a00:ab00:300:6 130.173.91.58    2 u   14   64  377    8.624   -3.472   6.588
+37.139.41.250   192.53.103.108   2 u    8   64  377   12.445  -11.401   5.677

Если в ответе присутствует строка, начинающаяся со звездочки (*), то всё в порядке, автоматическая синхронизация работает.