Как быстро установить на все каталоги и подкаталоги права 755, а на все файлы в тех же каталогах и подкаталогах права 644.

Допустим, интересует всё, что есть в каталоге /var/www/site.ru

Тогда для файлов и каталогов, соответственно:

find /var/www/site.ru -type f -exec chmod 644 {} \;
find /var/www/site.ru -type d -exec chmod 755 {} \;